حضرت علامه حسن زاده آملی در قم ابتدا به نزد علامه طباطبایی می رود نام علامه طباطبایی را ما با المیزان می شناسیم حال آن که علامه حسن زاده آملی ریاضیات و حساب را نزد ایشان تکمیل می کنند. البته دور از ذهن هم نیست که یک فیلسوف بزرگ را در ریاضیات و هندسه در درجه عالی بدانیم وقتی که سر در آکادمی افلاطون نوشته شده بود «کسی که هندسه نمی داند آکادمی نیاید.»
درس آموزی نزد علامه طباطبایی بیش از ۱۷ سال به طول می انجامد. علامه حسن زاده آملی تا عالی ترین سطح فلسفه صدرایی را در محضر علامه طباطبایی می آموزد. در محضری که شاگردان فراوانی در آن تربیت یافتند البته همیشه درس ها پررونق هم نبوده، شده بود که درس علامه طباطبایی هم مثل درس علامه شعرانی فقط یک نفر مشتری داشته باشد و آن هم حسن حسن زاده آملی.
عرفان نظری را هم تا حد عالی از علامه محمد حسین طباطبایی آموخت و کتاب های بزرگی چون فصوص الحکم ابن عربی تاثیر فراوانی بر جان و وجود علامه حسن زاده آملی گذاشته است.
از دیگر بحث ها قطعا تفکر وتدبر در قرآن است، مگر می شود کسی در محضر علامه طباطبایی باشد و از این مهم دور بماند. علاوه بر این شاگردان نزدیک علامه طباطبایی یک کار قشنگ دیگر هم می کردند. چند نفری دور هم جمع می شدند و از روی بحارالانوار علامه مجلسی می خواندند و بحث می کردند و گاهی یک حدیث را اصلا از لحاظ سند صحیح نمی دانستند! زیرا علمایی چون علامه طباطبایی و یا حضرت امام خمینی بر این اعتقاد بودند که این طور نیست که همه احادیث بحارالانوار صحیح باشد.
این کارها خطر هم داشت. این جور بها دادن به فلسفه ملاصدرا و تمرکز بر بحث های ابن عربی و ایراد وارد کردن به برخی احادیث بحارالانوار، چیزی نیست که برای انسان گران تمام نشود. سیلی که بر صورت علامه طباطبایی از جانب متحجرین زده شد سرخی اش بر گونه علامه حسن زاده آملی هم هست لیکن به قاعده «بخشش از بزرگان است» سکوت کردند و ما فقط می دانیم که این چند جلد بحارالانوار تصحیح شده را علامه طباطبایی گذاشت داخل یک گونی و برد انداخت درون زیرزمین تا محتوای تلاشش برای همیشه مفقود بماند. اما این دانه زیر آن زیرزمین بعدها سر برآورد و در آب و هوای بهتری جوانه ای از جنس تعقل می دهد تا درخت شود که امروز اکسیژن معرفتی ما را تامین کند.